El expresidente Martín Vizcarra ha quedado fuera de toda investigación penal relacionada con el caso Chinchero, luego de que dos fiscales de la Nación archivaran el expediente que lo involucraba en la polémica adenda suscrita con la concesionaria Kuntur Wasi. A pesar de que algunos peritajes apuntaban a nuevas evidencias, las autoridades encargadas determinaron que no existían pruebas suficientes para reabrir el proceso.

La primera decisión de archivar el caso fue tomada en 2018 por el entonces fiscal de la Nación, Pablo Sánchez Velarde, quien consideró que las acciones de Vizcarra, cuando se desempeñaba como ministro de Transportes y Comunicaciones, formaban parte de sus funciones como titular del sector. Sánchez archivó la investigación en dos oportunidades y dejó abierta la posibilidad de retomarla si aparecían nuevos elementos probatorios.

Posteriormente, Pedro Chávarry, al asumir la Fiscalía de la Nación, ordenó una reapertura del caso en setiembre de 2018. Esta vez, se incluyó también al exministro de Economía Alfredo Thorne bajo sospechas de cohecho y tráfico de influencias. Sin embargo, Chávarry enfrentó una dura campaña mediática tras tocar el tema Chinchero y terminó apartado del cargo, en un contexto de conflicto abierto con los fiscales del equipo Lava Jato, Rafael Vela y José Domingo Pérez.

Finalmente, en septiembre de 2019, la entonces fiscal de la Nación Zoraida Ávalos cerró la posibilidad de retomar la investigación contra Vizcarra. A pesar de que la fiscal Zoila Sueno había advertido sobre documentación hallada en una laptop de un ejecutivo de Kuntur Wasi que podía estar vinculada con delitos de colusión, Ávalos concluyó que dichos elementos no comprometían directamente al expresidente, dando por cerrado el caso.